Địa giới của Lãnh thổ Indiana gồm có khu vực đất thuộc Lãnh thổ Tây Bắc nằm về phía tây đường phân định chạy từ bờ sông đối diện cửa sông Kentucky ở đông bắc cho đến Fort Recovery, và từ đó đi về hướng bắc dọc theo một đường phân định trong khoảng kinh tuyến 83 độ 45 phút Tây. Ban đầu lãnh thổ gồm có phần lớn tiểu bang Indiana ngày nay và tất cả các tiểu bang Illinois và Wisconsin ngày nay cũng như một số mảnh của ba tiểu bang khác ngày nay: một phần của Minnesota ở phía đông sông Mississippi, gần như toàn bộ Bán đảo Thượng và phân nửa phía tây của Bán đảo Hạ của Michigan, và sau hết là một dải đất hẹp của Ohio nằm ở phía bắc và phía tây Fort Recovery.[1] Phần đất cuối vừa kể thuộc tiểu bang Ohio khi nó được phép gia nhập liên bang vào năm 1803.[2] Cùng thời gian năm 1803, ranh giới đông nam bị dời từ điểm đối diện sông Kentucky đến cửa sông Great Miami. Phần phía đông của Michigan được đưa vào Lãnh thổ Indiana vào lúc đó. Diện tích của Lãnh thổ Indiana giảm thiểu vào năm 1805 khi thành lập Lãnh thổ Michigan, và năm 1809 khi thành lập Lãnh thổ Illinois.[3]